حضرت استادعلامه روانشاد دکترسیدجعفر شهیدی به سال ۱۲۹۷ هجری خورشیدی در یکی از محلات قدیمی شهر بروجرد به دنیا آمد. دروس ابتدایی و اندکی از متوسطه را در همین شهر خواند و بعد راهی تهران شد. در سال ۱۳۲۰ برای تحصیل علوم دینی و فقه و اصول راهی نجف شد و تحصیلات حوزوی اش را تا حد رسیدن به درجه اجتهاد ادامه داد. پس از آن چند سالی را از محضر آیت‌الله بروجردی و بسیاری از مراجع و بزرگان دینی استفاده کرد، اما بعد از هشت سال، بیماری او را به ایران بازگرداند. در دبیرستان ابومسلم مشغول به تدریس شد و با توجه به اهمیت مدرک تحصیلی در میزان حقوق بدون شرکت در کلاس‌ها، لیسانس الهیات را با بهترین نمره‌ها گرفت.

برخورد با محمد معین، باب آشنایی وی را با علی‌اکبر دهخدا فراهم کرد و بعد از تشکیل موسسه لغت‌نامه دهخدا، معاونت سازمان را به‌ عهده گرفت. سپس علامه دهخدا از سیدجعفر شهیدی دعوت به همکاری کرد و در نامه‌ای به دکتر آذر (وزیر فرهنگ وقت) نوشت: «او اگر نه در نوع خود بی‌نظیر، ولی کم‌نظیر است.» دهخدا در این نامه خواست که به جای ۲۲ ساعت، به او شش ساعت تدریس اختصاص دهند تا بقیه وقتش را در لغت‌نامه دهخدا بگذراند.

در سال ۱۳۴۰ با مدرک دکتری به دانشگاه منتقل شد. تدریس در دانشگاه تا حدود سال ۱۳۴۵ ادامه پیدا کرد، اما بعد با ناامنی دانشگاه، دانشجویان خود را به لغت‌نامه برد. پس از سال‌ها نیز، تا پایان عمر وی، دانشجویانش چهارشنبه‌ها به دفتر وی در موسسه لغت‌نامه دهخدا می‌رفتند و با شهیدی جلساتی را داشتند. بعد از مرگ محمد معین، شهیدی مسؤولیت اداره سازمان لغت نامه دهخدا را بر عهده گرفت. او در زمینه‌های ادبیات عرب و فارسی استادی بنام بود و درک محضر و همنشینی با استادانی نظیر بدیع‌الزمان فروزانفر، دهخدا، جلال‌الدین همائی و محمد معین اعتبار علمی و معنوی او را دو چندان کرد.

دکتر شهیدی اولین کتابش را در نجف در رد احمد کسروی نوشت و دیگر کتابش، سه جلد «جنایات تاریخ» توسط ساواک توقیف شد. او به جز همکاری در تدوین فرهنگ معین و لغت‌نامه دهخدا، ۴ عنوان ترجمه، ۳ عنوان تصحیح و تعداد زیادی تالیف دارد که شماری از کتاب‌های وی به زبان‌های بیگانه ترجمه شدند و جایزه دریافت کردند. در سال 1369 برای ترجمه نهج‌البلاغه و در سال ۱۳۸۵ هجری خورشیدی برای نگارش کتاب تاریخ تحلیلی اسلام برنده جایزه کتاب سال ایران شد.

دکتر شهیدی در سال ۱۳۷۴ منزل مسکونی اش را به شهرداری نارمک واگذار کرد و این خانه در همان سال به کتابخانه عمومی دکتر شهیدی تبدیل شد. پس از مرگ وی اتاقی در این کتابخانه به موزه نگهداری برخی آثار از آثار او اختصاص داده شد. وی در ساعت ۱۱ صبح یکشنبه ۲۳ دی ۱۳۸۶ از دنیا رفت و پیکرش چهارشنبه بیست و شش از برابر بنیاد لغتنامه دهخدا به سمت دانشگاه تهران تشیع شد.